Em 1983, a Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil, instituição centenária que atua na área de ensino e é herdeira da tradição franciscana, fundou o Instituto de Filosofia São Boaventura, em continuação a uma tradição mantida pela Província no Brasil desde sua instituição no século XVI. Por essa escola franciscana foram formados não só grandes nomes da intelectualidade brasileira, como também renomados filósofos pesquisadores.

Os professores Raimundo Vier (medievalista), Damião Berger (helenista), Constantino Koser (medievalista), Paulo Evaristo Arns (humanista), Arcângelo Buzzi (filósofo), Leonardo Boff (teólogo), Hermógenes Harada (franciscanólogo), Antonio Moser (teólogo), Fidélis Voering (medievalista), Ildefonso da Silveira (historiador), são alguns destes nomes.

Assim, essa escola franciscana torna-se a depositária de uma herança ímpar no ensino, na pesquisa e no saber filosóficos. A par do saber e da experiência acumulados, pode-se encontrar junto aos franciscanos um dos maiores acervos de obras das áreas de filosofia e ciências humanas do Estado do Paraná, sem mencionar as muitas obras raras. Com o objetivo de colocar à disposição da comunidade esta verdadeira riqueza, a Associação Franciscana de Ensino Senhor Bom Jesus solicitou o credenciamento do Instituto de Filosofia São Boaventura, visando constituí-la como um centro de excelência no ensino da filosofia e da pesquisa em estudos medievais.

Credenciada pela Portaria Ministerial em março de 2002, no mês seguinte o Instituto de Filosofia deu início a suas atividades, com a realização do primeiro processo seletivo e abertura do primeiro ano letivo.