Em 1983, a Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil, instituição centenária que atua na área de ensino e é herdeira da tradição franciscana, fundou o Instituto de Filosofia São Boaventura, em continuação a uma tradição mantida pela Província no Brasil desde sua instituição no século XVI. Por essa escola franciscana foram formados não só grandes nomes da intelectualidade brasileira, como também renomados filósofos e pesquisadores. Os professores Raimundo Vier (medievalista), Damião Berger (helenista), Constantino Koser (medievalista), Paulo Evaristo Arns (humanista), Arcângelo Buzzi (filósofo), Leonardo Boff (teólogo), Hermógenes Harada (franciscanólogo e filósofo), Antonio Moser (teólogo), Fidélis Voering (medievalista), Ildefonso da Silveira (historiador), são alguns destes nomes.

Assim, essa escola franciscana torna-se depositária de uma herança ímpar no ensino, na pesquisa e no saber filosóficos. A par do saber e da experiência acumulados, pode-se encontrar junto aos franciscanos um dos maiores acervos de obras das áreas de filosofia e ciências humanas do Estado do Paraná, sem mencionar as muitas obras raras. Com o objetivo de colocar à disposição da comunidade esta verdadeira riqueza, a Associação Franciscana de Ensino Senhor Bom Jesus solicitou o credenciamento do Instituto de Filosofia São Boaventura, visando constituí-la como um centro de excelência no ensino da filosofia e da pesquisa em estudos medievais.

Credenciada pela Portaria Ministerial em março de 2002, no mês seguinte o Instituto de Filosofia deu início a suas atividades, com a realização do primeiro processo seletivo e abertura do primeiro ano letivo.

O curso de filosofia do Instituto de Filosofia São Boaventura fundamenta-se, primeiramente, em uma necessidade intrínseca à própria natureza da instituição enquanto voltada à educação superior. Habilitar professores e pesquisadores a se exercitarem na dinâmica da análise do real, e com isso possibilitar uma nova e, talvez, mais radical fundamentação da ciência num horizonte mais vasto, profundo e originário, é uma das funções a que se propõe o curso de filosofia da FFSB.

O desenvolvimento da história da filosofia tem demonstrado a grande influência, direta ou indireta, dos pensadores nas ações e decisões que são tomadas no campo da gestão. As disciplinas filosóficas do curso de filosofia são ao mesmo tempo informações do saber cultural e campos do saber nos quais forma-se a comunidade científica do ensino superior e de todos que conseguem seus diplomas de graduação. Nele, tanto os que ensinam como os que pesquisam, tornam-se responsáveis pela idéia suprema das universidades e faculdades, seja qual for a área de estudo em que se encontrem, professores, pesquisadores e profissionais.