Numa visão atualizada e sob inspiração de seu patrono, São Francisco de Assis, o Instituto de Filosofia São Boaventura, seguindo a tradição dos franciscanos e suas instituições, têm por missão produzir e difundir o conhecimento, libertar o ser humano pelo diálogo entre a ciência e a fé e promover fraternidade e solidariedade, mediante a prática do bem e a conseqüente construção da paz.
A herança franciscana está, assim, contida nos seus escritos. Estes revelam dimensões, atitudes e temas que compõem fundamentalmente o labor de educar numa perspectiva franciscana. Por isso, é possível falar de uma inspiração franciscana para a tarefa pedagógica. Essa mesma inspiração marcou gerações e chegou ao século XXI como um desafio que continua a questionar a todos os que se preocupam com o bem-estar do próximo.
Para a concretização de sua missão, propõe-se:
- educar integralmente o ser humano;
- promover, por meio do ensino, da pesquisa e da extensão, todas as formas de conhecimento, com abertura às variadas concepções pedagógicas;
- prover-se de mecanismos que garantam o padrão de qualidade;
- formar profissionais competentes para as diferentes atividades científicas, tecnológicas, culturais, políticas e sociais, comprometidos com a construção de um mundo melhor;
- promover a integração entre os diversos campos do saber e o encontro entre a ciência e a fé, respeitando o direito de liberdade e consciência;
- buscar resposta aos desafios que comprometem a vida;
- buscar intercâmbio e interação com instituições que promovem a educação, a ciência, a cultura e a arte, a fim de assegurar a universalidade de sua missão;
- estimular a formação continuada e criar condições para sua concretização;
- proclamar a fraternidade universal e o respeito a todas as criaturas.